در دوران دفاع مقدس شهید صیاد شیرازی اختلاف زیادی با بنی صدر داشت. اختلافی که به عزل او از فرماندهی غرب کشور منجر شد. پس از برکناری بنی صدر و در دوران ریاست جمهوری محمد علی رجایی بود که مسوولیت قرارگاه حمزه سیدالشهداء به این شهید بزرگوار برای هماهنگی میان ارتش و سپاه را به صیاد شیرازی واگذار شد.