کنار رفتن علی شمخانی از دبیری شورای عالی امنیت ملی باعث شد برخی گمانه زنی‌ها درباره برجام و احتمال برخی تغییرات در روند این پرونده و اتخاذ تصمیمات و روش‌های جدید اوج بگیرد. شورای عالی امنیت ملی به علت اینکه تجربه مفصلی در پرونده‌های سیاست خارجی دارد به عنوان یک نهاد موثر در این حوزه مورد توجه افکار عمومی است و حالا با کنار رفتن شمخانی بنظر می‌رسد تغییراتی در روش‌های این شورا اتخاذ شود.
قاسم محبعلی، مدیرکل سابق بخش خاورمیانه وزارت خارجه درباره نقش و تاثیر شورای عالی امنیت ملی در پرونده‌های سیاست خارجی به گفت: ماموریت اصلی شورای عالی امنیت ملی در مورد مسائل امنیتی است که یک بخش آن هم به خارج برمی گردد و مامورتی برای دیپلماسی در این نهاد پیش بینی نشده است، اما در دو دوره مسئولیت مذاکرات هسته‌ای را برعهده گرفت. یک دوره در زمان آقای روحانی بود که نسبتا موفق عمل کرد و با اروپایی‌ها به یک توافق رسید، اما آن توافق در عمل شکست خورد. در دوره بعدی نیز متاسفانه شورای عالی امنیت ملی در مذاکرات عملکرد ناموفقی داشت. محصول عملکرد آن نیز مشخص است و ۶ قطعنامه تحریمی علیه ایران در فصل هفت تصویب شد که حاصل نقشی بود که در مذاکرات ایفا کردند. وقتی وزارت خارجه این کار را به دست گرفت تا حدی موفق بود و برجام محصول همین عملکرد وزارت خارجه بود. الان دولت نقش سابق را در مذاکرات ندارد و تفاوتی ندارد وزارت خارجه مسئول مذاکرات باشد یا شورای عالی امنیت ملی.
وی درباره میزان توان شورای عالی امنیت ملی برای پیشبرد پرونده‌های سیاست خارجی افزود: مسلما وزارت خارجه حرفه ای‌تر برخورد می‌کند و حرفه گفتگو در وزارت خارجه انباشته شده است. همه دنیا وزارت خارجه را مامور این پرونده‌ها می‌دانند. اما وزارت خارجه فعلی دچار مشکل است و بیشتر کارشناسان با سابقه آن بازنشسته شده اند و فقر کارشناسی و مدیریتی دارد.
محبعلی درباره تاثیر تغییر شمخانی و نقش احمدیان در پیشبرد مذاکرات احیای برجام گفت: تصمیم گیری در این پرونده در اختیار شورای عالی امنیت ملی نیست و آن‌ها فقط کارگزار هستند. آن‌ها فقط می‌توانند از نظر فنی یک سری کارها را پیش ببرند و این تغییر اخیر اهمیتی ندارد و مهم نیست چه کسی در آن جا باشد.
نظر شما